五、皖奉联手：三次组阁驱逐冯国璋（2 / 2）
冯国璋在23日准署国务总理王士珍辞职（其实王士珍之前早跑掉了，只是剩个虚名挂在那里），特任段祺瑞为国务总理。24日，委任张志潭为国务院秘书长，25日又将参陆办公处迁回国务院，并任命靳云鹏为参陆办公处主任。段祺瑞第三次组阁，复出后的第一件事就是通令各省，将北军称为“国军”，将南军称为“敌军”，摆足了武力统一的架势。而徐树铮到北京祝贺新内阁的时候，也公开表示“不打到广州决不罢兵”。当时段祺瑞设想的作战计划是：湖南战场仍然以直系军队为主，等到湘东平定之后，抽调张怀芝进攻广东，同时命令江西的部队向南推进，福建的部队向潮汕推进，在广东境内与龙济光部会合；四川战场则以奉系军队为主，兵分两路，一路由鄂西向四川东部推进，一路由陕南向四川北部推进，随后和陕军以及刘存厚部会合。
段祺瑞想得固然是好，但其时刘存厚在四川已经是举步维艰，而龙济光在广东也是节节败退。然而此时的段祺瑞以及皖系均达到巅峰状态，整个北洋系几乎都聚拢在周围，冯国璋和长江三督也不得不低头臣服，之前对皖系态度激烈的李纯竭力拉拢徐树铮，而江西督军陈光远更是公开支持段祺瑞的作战计划。在段祺瑞三度组阁的过程中，徐树铮厥功至伟，所以再回到北京以后，人事权和军事权全部落在了徐树铮的手里，同时新国会的选举也由他包办，而这个新的国会就是标志皖系力量抵达最高峰的安福国会。徐树铮掌权之后仍旧嚣张跋扈，靳云鹏当了参陆办公处主任，徐树铮就和靳云鹏作对，靳云鹏只好请假不办公将权力交给徐树铮。国务院秘书长张志潭本来也是徐树铮推荐的，但是徐树铮随后也对张志潭不满，张志潭只好辞职。徐树铮大权在握，同时也渐渐让皖系走向分化。
26日，吴佩孚攻克长沙，随后继续追击南军，而将长沙又交给了跟在他屁股后面的张敬尧。张敬尧虽然一直闻着直系军队扬起的尘土味前进，在岳州被攻克之后才到九江督师，但一路上尽是捡不完的便宜。到了长沙，他那支掳掠成性的部队在这里为非作歹，搞得整座长沙城都苦不堪言，外国记者发电形容“此辈剿匪不足而剿民则有余”，同日，北京政府任命张敬尧为湖南督军兼署省长。28日，以蓝建枢特任海军总司令。29日，任命陆徵祥复任外交总长，钱能训为内务总长，段芝贵为陆军总长，刘冠雄为海军总长，傅增湘为教育总长，朱深为司法总长，田文烈为农商总长，曹汝霖为交通总长兼署财政总长，吴鼎昌为财政次长。
此时，徐树铮看到直隶拱卫北京的重要性，便想取代曹锟成为直隶督军，他采用的办法是调虎离山，升曹锟为两湖巡阅使兼湖北督军，调原湖北督军王占元为江苏督军，而原江苏督军李纯就地免职。这样既调开了曹锟，又解决了李纯，还打击了直系。
曹锟虽然帮着皖系，但是也不想开罪直系，再者湖北和湖南的局势都不明朗，徐树铮急着把曹锟调出直隶，无疑是釜底抽薪，曹锟虽然有“傻子”之名，但不是真傻。1918年4月4日，曹锟向北京政府发出通电，请辞两湖巡阅使的同时要去信阳的鸡公山养疴，“养疴”这个词大家应该都不陌生，是的，当年袁世凯就用过这一招。就在曹锟发出通电的同时，曹锟的部下吴佩孚也致电北京政府，表示部队作战疲乏要求回到直隶休整。
曹锟和吴佩孚用的这些伎俩，是继承了北洋系的光荣传统，因为袁世凯和段祺瑞都是以养病威胁政府的高手，他们算是没有白跟着这两位北洋大佬混。而且曹锟手里确实有足够的本钱来威胁段祺瑞，因为此时的皖系军阀都跟在吴佩孚后面磨磨蹭蹭前进，真正在前面冲锋陷阵的是吴佩孚，曹锟这个时候如果宣布撤退，那段祺瑞占两湖、攻四川、扫平西南的“三步走”战略就会付诸东流。徐树铮急忙南下，亲自到汉口向曹锟道歉，但同时又调本来前往四川的奉军转往湖南战场监视直系部队。
曹锟觉得两湖距离大本营太远，“金窝银窝不如自己的狗窝”，不如回到自己的老巢去。于是在占领长沙以后，曹锟的部队就借口粮饷和枪械不足，进兵日益缓慢。7日，安徽督军倪嗣冲抵达北京，极力主张以临时参议院代行国会选举权，即日进行总统选举，正式驱逐冯国璋。但此时主战派内部矛盾逐渐显露出来，段祺瑞哪里有心思重选总统，决定“南巡”汉口召开军事会议，消除直皖两系的矛盾。
内阁对段祺瑞的“南巡”却议论纷纷，因为前不久大总统冯国璋刚刚“亲征”，搞得北京城里人心惶惶，如今总理又要“南巡”，只会令刚刚平稳的局势再起波澜。但12日，南军占领电白，龙济光部节节溃败，段祺瑞不顾内阁反对毅然“南巡”，20日乘专车由京汉路南下，21日经郑州时得河南督军赵倜随行，22日抵达汉口，为了方便会晤曹锟，由大智门车站改为循礼门，直抵刘园的曹锟司令部。让段祺瑞尴尬的是，他原本意在汉口召开一次大的军事会议，但是长江三督中的李纯和陈光远不敢赴会，张怀芝和张敬尧借口“军情紧急”不予赴会，搞得所谓的督军会议只剩他和曹锟面面相觑。段祺瑞随后又接连致电张怀芝，张怀芝才不得不于24日赶到汉口。至此，段祺瑞主持的军事会议终于请到曹锟、张怀芝、王占元和周倜四个督军，段祺瑞的心腹徐树铮及江苏、江西、湖南、安徽、山西、陕西、奉天等省的督军代表参加。
就是在这次督军会议上，原本是主战派领袖的曹锟忽然转变了态度，站到了直系一边，他先是和王占元一起请求恢复陈光远的官职，随后又要求撤销对王汝贤、范国璋的处分，对冯玉祥不予追究。这样，当冯国璋在北京城里声势日微，逐渐成为一个空头总统的时候，曹锟却手腕迭出，逐渐成为直系的首领。段祺瑞此行本就意在安抚直系，所以对曹锟的请求都表示同意。
就在汉口军事会议召开的同时，随着护法运动的失败，桂系开始将大部分部队撤回广东，推行不抵抗政策，谭浩明也离开衡阳到永州。在桂军撤退之后，孤立无援的湘军也不得不撤退，程潜于23日离开衡阳，直系军队在第二天进驻衡阳。
25日，北军张怀芝部占领醴陵、攸县，但此时北军过于轻敌，急于对南军进行追击。结果撤退不及的桂军和湘军只好采取反攻，而张怀芝部对敌人的大举反攻猝不及防，在黄土岭被打得大败，溃败的北军退往株洲、易家湾，更是将怒火发泄在老百姓身上，沿途烧杀抢掠。在汉口的军事会议结束以后，26日，段祺瑞在九江会晤陈光远，在恢复陈光远职位的同时命令他出兵广东，陈光远随即派赣南镇守使吴鸿昌进攻南雄。同时，段祺瑞又任命福建督军李厚基为援粤军总司令，并调浙江第一师师长童保暄为副司令，李厚基在厦门设立司令部。同时，曹锟、张怀芝、倪嗣冲联名致电北京政府，要求迅速召集新国会。27日，李烈钧部攻克龙济光部的根据地廉江，段祺瑞急忙赶到南京会晤李纯，李纯随即派第十九师师长杨春普率部开赴江西，同时段祺瑞也极力缓和李纯、倪嗣冲、卢永祥之间的矛盾，到晚间则由津浦路北归，于28日回到北京。